Sposato con Giovanna Malatesta di Sigismondo da Rimini ‘principessa savia e di gran senno'(Lili), dedicò gran parte delle proprie energie e delle finanze dello stato per creare nella sua corte e nella città un clima culturale che aderisse agli ideali umanistico-rinascimentali imitando il mecenatismo di altri ‘principi’ suoi contemporanei, primo fra tutti Federico da Montefeltro. A lui si deve l’ultimo e più importante ampliamento del palazzo avito con la costruzione dell’ampio ed elegante quadriportico e la ricca decorazione pittorica delle sale di rappresentanza. Il da Varano, celebrato come promotore e protettore delle lettere e delle scienze, in grado di apprezzare le espressione artistiche, ebbe infatti bisogno di nuovi spazi per ospitare manifestazioni pubbliche e festeggiamenti atti a sottolineare i propri trionfi politici, a maggior gloria di se stesso e del proprio lignaggio.
Governò con magnanimità, amato soprattutto dal popolo e dagli abitanti del contado , ma non dagli aristocratici che si ritenevano ingiustamente esclusi dal governo della città. Prima che la bufera borgesca si scatenasse sulle corti della Romagna e delle Marche, prevedendo il peggio, Giulio Cesare riuscì a far riparare a Venezia la moglie ed il figlio Giovanni Maria insieme a gran parte del tesoro. Occupato lo Stato alle truppe al soldo di Cesare Borgia, figlio di Alessandro VI, ancora una volta la famiglia da Varano fu decimata: Giulio Cesare e tre dei suoi figli Annibale, Pirro e Venanzio furono catturati ed uccisi. Il vecchio signore fu strangolato nel 1502 a Pergola per mano di Micheletto da Valenza su ordine dello stesso Borgia. Ulteriori informazioni